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연차휴가는 근로자별 입사일을 기준으로 부여하는 것이 원칙이지만, 

실무에서는 노무 관리의 편의를 이유로, 취업규칙 등에 따라 회계연도를 기준으로 연차를 일괄 부여하는 경우가 훨씬 더 많습니다.

다만, 회계연도 기준 연차휴가 운영은 어디까지나 예외적인 방식인 만큼

근로자에게 불리하지 않아야 한다는 것이 행정해석의 일관된 입장입니다. 

이에 따라 퇴직 시점에 회계연도 기준으로 부여한 연차휴가 일수가 개별 근로자의 입사일을 기준으로 산정한 연차휴가 일수보다 부족한 경우에는

그 미달하는 일수에 대해 추가로 연차휴가를 부여하거나 미사용 연차휴가수당으로 정산하여야 합니다(근기 68207-620).

그렇다면

반대로 퇴직 시점에 회계연도 기준으로 부여한 연차휴가 일수가 입사일을 기준으로 산정한 연차휴가 일수보다 많은 경우에는 어떻게 보아야 할까요?

이에 대해 행정해석은 취업규칙 등에 ‘근로자 퇴직 시 입사일을 기준으로 연차휴가 일수를 재정산한다’는 별도 단서가 없는 이상 

근로자에게 유리한 회계연도 기준으로 연차를 부여해야 한다는 입장입니다. (임금근로시간정책팀-489)

이를 반대로 해석하면 

취업규칙 등에 ‘입사일 기준 재정산 규정’이 있다면 

회계연도 기준이 근로자에게 유리한 경우라 하더라도 법정 기준에 따른 연차휴가 일수만큼만 부여하는 것이 가능합니다.

다만, 이러한 재정산 규정이 존재하더라도

재정산 결과 근로자가 입사일 기준 발생 연차를 초과하여 휴가를 사용한 경우 

그 초과분을 임금에서 공제하기 위해서는 근로자의 동의가 반드시 필요합니다. (대법원 2001.10.23. 선고 2001다25184 판결).

아울러, 퇴사 시점에 입사일 기준으로 재산정하도록 취업규칙을 변경하는 경우

회계연도 중에 입사한 일부 근로자에게는 연차유급휴가 일수가 줄어들게 되는 결과를 초래하게 되므로 

취업규칙의 변경시 불이익변경 절차를 거쳐야 한다는 점도 함께 유의할 필요가 있습니다.(임금근로시간정책팀- 489)

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